Der ältere Teil des heutigen Schulgebäudes wurde 1953 errichtet. Auf Grund steigender Schülerzahlen wurde 1972 ein Erweiterungsbau (Flachdach) notwendig. Eine große Sporthalle wurde 1974 hinzugefügt. Die Gründung eines Neubaugebietes zwischen Brinkum und Seckenhausen hatte ein weiteres Ansteigen der Schülerzahlen zur Folge. Deshalb wurde im Jahr 2005 die Aufstellung zweier Mobilbauklassen auf dem Schulgelände erforderlich.
Durch weiteres Ansteigen der Schülerzahlen wurde im Sommer 2010 eine Aufstockung dieser Systembauten um zwei allgemeine Unterrichtsräume von der Gemeinde beschlossen.

Die Einführung der Ganztagsschule zog bauliche Konsequenzen mit sich. So  wurde ein allgemeiner Unterrichtsraum in eine Mensa umgestaltet, sie bietet Platz bietet für max. 50 Kinder. Der benachbarte kleine Förderraum wurde in eine Küche umgebaut, die mit einer Durchreiche mit der Mensa verbunden wurde.

Im Jahr 2015 fand dann die vorerst letzte bauliche Maßnahme in der Grundschule Seckenhausen statt. Steigende Anmeldezahlen für das Ganztagsangebot sowie eine Umstellung des Mittagessens von Warmanlieferung auf Tiefkühl-Mischkost machte eine Vergrößerung der bereits bestehenden Mensa und Küche notwendig.

Im Jahr 2018 stellt sich das Gebäude der Grundschule Seckenhausen wie folgt dar:
Insgesamt umfasst die Grundschule Seckenhausen 12 allgemeine Unterrichtsräume, von denen 4 Räume in Mobilbauklassen ausgelagert sind.

Als weitere Fachräume finden sich ein Computerraum mit 11 Schülerarbeitsplätzen und ein Werkraum im Gebäude der Schule. Im Obergeschoss des Schulgebäudes werden die ehemaligen Horträume als Differenzierungsräume während des Vormittages verwendet. Am Nachmittag finden hier Betreuungs- und AG-Angebote im Rahmen des Ganztages statt.

Das Konzept der Doppelnutzung von Räumen wird auch in der neuen Mensa verfolgt. Im Vormittag dient sie zum einen als Differenzierungsraum, zum anderen befindet sich die Schülerbibliothek im vorderen Teil des Raumes. Der rückwärtige Teil der Mensa beherbergt zudem eines unserer Smartboards und wird im Rahmen der Medienerziehung von allen Klassen verwendet. Außerdem dient er als Musikraum.

Mittig im Schulgebäude gelegen finden sich ein weiterer Unterrichtsraum, der vor allem der Förderung unserer Schülerinnen und Schüler vorbehalten ist. Am Nachmittag bietet unserer Kooperationspartner, die Kreismusikschule, Gitarren- bzw. Flötenunterricht an. Zentral findet sich auch das Arbeitszimmer des Hausmeisters.

Der Verwaltungstrakt unserer Schule umfasst ein Mitarbeiterzimmer (Lehrerzimmer), das Sekretariat, das Büro der Schulleitung und ein Arbeitsraum für die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Schule; dieser dient außerdem als „Krankenzimmer“.